馬涵慧    助理教授,研究員
所在學院生命科學與技術學院
研究方向基因編輯,表觀遺傳學和細胞命運決定
聯系方式mahh@@shanghaitech.edu.cn


個人簡介
1997年本科畢業于北京工商大學化學工程系;
2004年在中科院上海生物化學與細胞生物學研究所獲得博士學位;
2004-2011年在美國麻省大學醫學院進行博士后研究,2011年晉升為研究員。
2018年6月加入上??萍即髮W生命科學與技術學院任助理教授、研究員。

主要研究內容
基因的開關轉換在細胞命運決定,發育和人類疾病中起到關鍵的作用。本實驗室主要從事表觀遺傳學和染色高級結構的研究。將結合單細胞基因組學,基于CRISPR的DNA和RNA跟蹤和編輯技術,以及超高分辨率活細胞顯微成像等技術來研究基因的時空調節以及細胞的命運決定。最終我們將設計分子機器來調節或修復基因并探索其在疾病治療中的應用。目前的主要研究方向:1)基因組的3D結構和動態變化在基因表達和調控中的作用;2)表觀遺傳修飾對轉錄調節的分子機制;3)相分離在基因激活和沉默的作用。

代表性論文

(# Co-first author, * Corresponding author)

1. Ma H*, Tu LC, Naseri A, Chung YC, Grunwald D, Zhang S, Pederson T. (2018) CRISPR-Sirius: RNA scaffolds for signal amplification in genome imaging. Nat. Methods. 15: 928-931.
2. Ma H*, Reyes-Gutierrez P, Pederson T. (2018) A CRISPR-Based Selective Gene Inhibition Method Reveals Dynamic Features of a Cell Nucleus Nanobody Related to the Disease Myotonic Dystrophy. Small Methods. 1700400.  
3. Chuai G, Ma H, Yan J, Chen M, Hong N, Xue D, Zhou C, Zhu C, Chen K, Duan B, Gu F, Qu S, Huang D, Wei J, Liu Q. (2018) DeepCRISPR: Optimized CRISPR Guide RNA Design by Deep Learning. Genome Biol. 19(1): 80.  
4. Ma H*, Tu LC, Naseri A, Chung YC, Grunwald D, Zhang S, Pederson T. (2017) CRISPR-Based Imaging Reveals Cell-Cycle-Dependent Chromosome Dynamics in Living Cells. BioRxiv 195966; doi.org/10.1101/195966 
5. Ma H*, Tu LC, Naseri A, Huisman M, Zhang S, Grunwald D, Pederson T. (2016) Multiplexed Labeling of Genomic Loci with dCas9 and Engineered sgRNAs using CRISPRainbow. Nat. Biotechnol34: 528-530.  
6. Ma H#, Tu LC#, Naseri A, Huisman M, Zhang S, Grunwald D, Pederson T*. (2016) CRISPR-Cas9 Nuclear Dynamics and Target Recognition in Living Cells. J. Cell Biol. 214:529-537.  (Highlighted in an “In Focus” editorial) 
7. Ma H*, Naseri A, Reyes-Gutierrez P, Wolfe SA, Zhang S, Pederson T*. (2015) Multicolor CRISPR Labeling of Chromosomal Loci in Human Cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 112: 3002-3007.  
8. Ma H, McLean JR, Gould KL, McCollum D. (2014) An Efficient Fluorescent Protein-Based Multifunctional Affinity Purification Approach in Mammalian Cells. Methods Mol. Biol. 1177:175-191. (Invited protocol) 
9. Ma H*, Reyes-Gutierrez P, Pederson T*. (2013) Visualization of Repetitive DNA Sequences in Human Chromosomes with Transcription Activator-Like Effectors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 110: 21048-21053. 
10. Ma, H* & Pederson T*. (2013) The Nucleolus Stress Response is Coupled to an ATR-Chk1-Mediated G2 Arrest.  Mol. Biol. Cell 24: 1334-1342.  
11. Ma H, McLean JR, Chao LF, Mana-Capelli S, Paramasivam M, Hagstrom KA, Gould KL, McCollum D. (2012) A Highly Efficient Multifunctional Tandem Affinity Purification Approach Applicable to Diverse Organisms. Mol. Cell. Proteomics11: 501-511.  
12. Ma H & Pederson T. (2008) Nucleophosmin is a Binding Partner of Nucleostemin in Human Osteosarcoma Cells.  Mol. Biol. Cell 19: 2870-2875. 
13. Ma H* & Pederson T. (2008) Nucleostemin: a Multiplex Regulator of Cell-Cycle Progression. Trends Cell Biol. 18: 575-579. 
14. Ma H & Pederson T. (2007) Depletion of the Nucleolar Protein Nucleostemin Causes G1 Cell Cycle Arrest via the p53 PathwayMol. Biol. Cell 18: 2630-2635. 
15. Ma HH, Yang L, Yang XY, Xu ZP, Li BL. (2003) Bacterial Expression, Purification, and in vitro N-Myristoylation of Fusion Hepatitis B Virus preS1 with the Native-Type N-terminus. Protein Expr. Purif. 27: 49-54.


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